προϊστορικός οικισμός, γνωστός ως Μικρό Βουνί
Ο προϊστορικός οικισμός, γνωστός ως Μικρό Βουνί, αντιπροσωπεύει ένα πρωτοαστικό παράδειγμα "πόλης" στο Αιγαίο, εκτείνοντας από την Τελική Νεολιθική περίοδο του αιγαιακού χώρου μέχρι τα όψιμα χρόνια της Μέσης Χαλκοκρατίας.
Εντοπίστηκαν οικισμοί από την Ύστερη Χαλκοκρατία και τρία μεγαλιθικά ταφικά μνημεία από την εποχή του Σιδήρου. Ο τελευταίος πληθυσμός προελληνικής καταγωγής ήταν θρακικός, και η γλώσσα του χρησιμοποιούνταν ως τελετουργική γλώσσα στη λατρεία των Μεγάλων Θεών μέχρι τον 1ο αιώνα π.Χ.
Ο προϊστορικός οικισμός, Μικρό Βουνί, αντιπροσωπεύει ένα πρωτοαστικό παράδειγμα "πόλης" στο Αιγαίο, από την Τελική Νεολιθική περίοδομέχρι τα όψιμα χρόνια της Μέσης Χαλκοκρατίας.
Περίπου το 700 π.Χ., οι Αιολείς αποίκισαν το νησί. Η πόλη, με ασημένια νομίσματα και μικρό πολεμικό στόλο κατά τα αρχαϊκά χρόνια, προστάτεψε τον εαυτό της με ένα εντυπωσιακό τείχος στις αρχές του 6ου αιώνα. Κατά την εποχή των ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων, η λατρεία των Μεγάλων Θεών απέκτησε διεθνή χαρακτήρα. Η νομισματοκοπία, που είχε διακοπεί κατά την κλασική περίοδο, συνεχίστηκε έως τον 1ο αιώνα π.Χ. Ωστόσο, από τον 3ο αιώνα μ.Χ., η παρακμή της λατρείας έγινε αντιληπτή.
η "Μεγάλη Μητέρα," γνωστή ως Αξίερος ή Δήμητρα, η Κυβέλη η Εκάτη Ζηρυνθία και η Αφροδίτη Ζηρυνθία και ο Καδμίλος
Περίπου το 1430, η Σαμοθράκη έπεσε υπό την κυριαρχία του γενουάτη ηγεμόνα της Αίνου, Παλαμήδη Gattilusi. Το νησί ερήμωσε δύο φορές, μια μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης και μια άλλη το 1821.
Κεντρική μορφή της θρησκείας των Μεγάλων Θεών ήταν η "Μεγάλη Μητέρα," γνωστή ως Αξίερος ή Δήμητρα για τους Έλληνες, συγγενική με την Κυβέλη και τους αντίστοιχους θεούς της Ανατολίας. Από την Αξίερο πιθανόν προέρχονταν η Εκάτη Ζηρυνθία και η Αφροδίτη Ζηρυνθία, ενώ συνδέεται με τον Καδμίλο, έναν θεό της γονιμότητας που ταυτίστηκε με τον Ερμή. Οι Κάβειροι ήταν δύο θεαίνες-δαίμονες ιθυφαλλικοί. Στους Μεγάλους Θεούς ανήκουν επίσης ο Αξιόκερσος (Άδης) και η Αξιόκερσα (Περσεφόνη), ένας θεός και μια θεά του Κάτω Κόσμου.
Οι γιορτές της Σαμοθράκης απεικονίζουν τον γάμο του Κάδμου και της Αρμονίας. Στα νυχτερινά Μυστήρια των Μεγάλων Θεών υπήρχαν δύο βαθμίδες: η καθαυτό μύηση και η εποπτεία. Κατά τη διάρκεια των τελετουργικών γεύσεων, καταναλώνονταν μεγάλες ποσότητες κρασιού.
Περίπου το 340 π.Χ., στο κέντρο του Ιερού Χώρου που εκτείνεται σε περίπου 50 στρέμματα, κατασκευάστηκε ο ορθογώνιος περίβολος γνωστός ως Τέμενος, πιθανόν ανάθημα του Φιλίππου Β΄. Το Πρόπυλο, που βρίσκεται στην είσοδό του, αποδίδεται στον Σκόπα. Η ζωφόρος διακοσμείται με τελετουργικό χορό κοριτσιών, αποτυπώνοντας τον αρχαϊκό ρυθμό. Γύρω στο 288 και το 281 π.Χ., η βασίλισσα Αρσινόη αφιέρωσε τη Θόλο, γνωστή με το όνομά της. Αυτή αποτελεί το μεγαλύτερο κλειστό κυκλικό οικοδόμημα της αρχαίας ελληνικής αρχιτεκτονικής.
Κατά τον τρίτο αιώνα π.Χ., κατασκευάστηκε ένα θέατρο, ενώ αργότερα κτίστηκε πάνω από το κοίλο ένα ορθογώνιο κτίσμα που διαχωρίζονταν σε δύο τμήματα. Στο πίσω νότιο τμήμα βρισκόταν η πλώρη του πλοίου με τη Νίκη.
Μετά την κατάργηση της πολυθεϊστικής λατρείας κατά τον όψιμο 4ο αιώνα π.Χ., το Ιερό εγκαταλείπεται. Ένας καμίνι του 5ου αιώνα, που αλλοίωσε τα πλησιέστερα μάρμαρα σε ασβέστη, σεισμοί κατά τον 6ο αιώνα, και συλλήψεις μέχρι τα πιο πρόσφατα χρόνια, συντελούν στην καταστροφή. Η ιστορική έρευνα ξεκινά με τον Γάλλο πρόξενο στην Αδριανούπολη, M. Champoiseau, που το 1863 πραγματοποίησε τις πρώτες ανασκαφές στη Σαμοθράκη, ανακαλύπτοντας το άγαλμα της Νίκης στο Ιερό των Μεγάλων Θεών. Μετά από αυτόν, ακολούθησαν άλλοι Γάλλοι, δύο αυστριακές αποστολές και, από το 1938, το Πανεπιστήμιο της Νέας Υόρκης. Από το 1982, η ΙΘ΄ ΕΠΚΑ εργάζεται στην προϊστορική θέση του Μικρού Βουνί.
